巧囊通常是指巧克力囊肿。巧克力囊肿手术可能会对卵巢造成一定的损伤具体多大损伤需要根据手术的类型进行判断，不能够一概而论。

患有巧克力囊肿的患者如果选择的是巧克力囊肿穿刺引流手术，在做完手术后，可能会导致女性的卵巢功能下降，进而引起月经异常的现象。如果进行的是子宫或附件全切手术，在手术后通常会导致女性的卵巢全部切除，进而失去卵巢功能。

进行巧克力囊肿手术之后，女性在平时生活中要养成良好的生活习惯，多注意休息，同时也应保持良好的睡眠。